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2010년 분야별 중요판례분석

[2010년 분야별 중요판례분석] (12)조세편

강석훈 변호사(법무법인 율촌)

I. 개관

2010년 조세분야 판결에 있어 대법원은 그 동안 납세자의 재판청구권 침해 논란이 있었던 재조사결정에 따른 제소기간의 기산점과 관련하여 전원합의체 판결로 종전의 판례를 변경한 것을 비롯하여 납세자의 이의신청에 대하여 과세관청이 직권취소를 함으로써 실질적으로 청구를 인용한 경우 이를 번복한 재처분을 허용하지 않는 등 주로 납세자의 절차적 기본권을 보장하는 의미 있는 판결을 다수 선고하였다.

또한 법인세법상 기부금 의제규정의 적용을 정당한 사유가 있음을 이유로 제한하거나 주식매수선택권의 행사이익과 부당행위계산부인에 관하여 종래의 과세관행을 뒤집는 새로운 판결을 선고하였으며, 그 동안 논란이 많았던 상장주식의 시가 산정방법에 관해서도 구체적인 판시를 하였다. 나아가 상속개시 이후 확정된 피상속인의 연대보증채무에 대한 확정판결을 후발적 경정청구사유로 인정하여 납세자의 권리구제 범위를 넓히고, 관행적으로 취득세 과세표준에 산입되어 온 주택분양보증수수료에 관하여 과세요건을 엄격하게 해석하여 종전의 과세관행에 제동을 거는 등 의미 있는 판결이 선고된 점도 주목할 만하다.

이하에서는 각 세목 및 주제 별로 2010년 주요 판결의 내용과 의미를 살펴본다.

II. 국세부과 및 징수

1. 대표자에 대한 인정상여로 소득처분된 경우 당해 대표자의 소득세 납세의무의 제척기간 : 대법원 2010.4.29. 선고 2007두11382 판결

대상판결은, 법인의 대표자가 허위의 세금계산서를 수취하여 장부상 매입액을 과다계상하여 소득을 은닉한 사안에서, 대표자가 장차 은닉된 소득이 사외유출되어 그 귀속자가 밝혀지지 아니함에 따라 자신이 그 법인의 대표자로서 인정상여처분을 받을 것까지 모두 예상하여 그로 인해 부과될 소득세를 포탈하기 위하여 행한 것으로 보기는 어려우므로, 그 인정상여처분으로 인한 소득세에 관한 한 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호에서 정한 '납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈한 경우'에 해당한다고 볼 수는 없고, 따라서 해당연도 귀속분 소득세에 대한 부과제척기간은 원칙으로 돌아가 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호 소정의 5년이 적용된다고 판시하였다. 한편 대상판결이 선고되기 이전에 대법원 2010.1.28. 선고 2007두20959 판결 역시 법인의 대표자가 법인의 자금을 횡령하는 과정에서 법인의 장부를 조작하는 등의 행위를 한 것은 그 횡령금을 빼돌린 사실을 은폐하기 위한 것일 뿐 그 횡령금에 대하여 향후 과세관청의 소득처분이 이루어질 것까지 예상하여 그로 인해 자신에게 귀속될 상여에 대한 소득세를 포탈하기 위한 것으로 보기 어려우므로 5년의 부과제척기간이 적용된다고 판시하였다.

위와 같은 일련의 판례에 의하면, 소득금액변동통지가 법인에게 송달되어 법인의 원천징수의무가 성립할 당시에 법인에 대해서는 사기 기타 부정한 행위가 성립한다고 하더라도 그 소득의 귀속자에 대한 소득세 부과제척기간은 5년이 적용되고, 따라서 원천납세의무자(소득귀속자)의 소득세 납세의무가 그 부과제척기간의 도과 등으로 소멸하였다면 법인의 원천징수의무도 성립할 수 없게 되었다. 대상판결은 소득처분의 경우 그 소득의 귀속자의 부과제척기간에 관한 종래 논란을 정리하면서 법인에 대한 부과제척기간과 귀속자에 대한 부과제척기간을 분명하게 구별한 점에서 의미가 있다고 생각된다.

2. 재조사결정의 법적 성격 및 제소기간의 기산점 : 대법원 2010.6.25. 선고 2007두12514 전원합의체 판결

조세불복절차상 이의신청, 심판청구 등에 대한 전심기관의 결정의 한 유형으로 실무상 자주 행해지고 있는 재조사결정은 처분청으로 하여금 당해 결정에서 지적된 사항을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하거나 당초 처분을 유지하는 등의 후속처분을 하도록 하는 형식을 취하고 있다. 종래 판례는 재조사결정 그 자체를 완결적인 재결로 보았으며 후속 처분은 재결에 따른 처분으로 보아 불복청구기간이나 제소기간은 납세자가 재조사결정의 통지를 받은 날부터 기산된다고 해석하여 왔는데(대법원 1997.10.24. 선고 96누10768 판결, 2009.5.28. 선고 2006두16403 판결 등), 이에 따르면, 납세자로 하여금 후속처분의 통지를 받기도 전에 곧바로 불복 여부를 결정하도록 사실상 강제하는 결과가 되어 납세자의 재판청구권이 침해되는 결과를 초래한다는 문제점이 꾸준히 지적되어 왔다.

대상판결은 재조사결정을 그 자체로 완결된 종국결정이 아닌 후속처분에 따라 그 내용이 보완됨으로써 결정의 효력이 발생하는 변형된 결정으로 해석하여 재조사결정에 따른 심사청구기간이나 심판청구기간 또는 행정소송의 제소기간은 이의신청인 등이 후속 처분의 통지를 받은 날부터 기산하도록 함으로써 종래 제기된 절차적 권리 침해 논란이 해소되었다는 데 큰 의미가 있다. 그러나 대상판결은 재조사결정에 따른 후속처분과 당초처분의 관계에 관하여는 침묵하고 있는데, 재조사결정에 따른 후속처분에 의하여 당초 납세자가 제기한 원처분의 위법성이 시정되지 아니할 경우 그 불복의 대상, 후속처분에 대한 전심절차의 재경유 여부 등에 관한 대법원의 향후 입장이 주목된다.

3. 불복절차 과정에서 실질적으로 불복사유를 받아들여 필요한 처분을 한 경우 이를 번복할 수 있는지 여부 : 대법원 2010.6. 24. 선고 2007두18161 판결, 2010.9.30. 선고 2009두1020 판결

국세기본법 제80조는 재결의 기속력은 심판청구의 경우에만 적용되는 것으로 규정하고 있으나, 종래 판례는 이를 넓게 해석하여 과세처분에 관한 불복절차과정에서 그 불복사유가 옳다고 인정되어 이에 따라 필요한 처분을 한 경우에는 불복제도와 이에 따른 시정방법을 인정하고 있는 법 취지에 비추어 동일한 사항에 관하여 특별한 사유 없이 이를 번복하고 다시 종전의 처분을 되풀이 할 수는 없다고 판시함으로써(대법원 1990.10.23. 선고 89누6526판결 등), 사실상 심사청구 및 이의신청에 관한 재결에 있어서도 기속력을 인정하여 왔다.

대상판결은, 과세관청이 이의신청을 받아들여 당초 처분을 직권취소하자 납세자가 이의신청을 취하하였는데 그 후 과세관청이 다른 사유를 들어 종전과 동일한 내용의 과세처분을 한 경우(2009두1020 판결) 뿐만 아니라, 과세관청이 직권취소결정을 한 다음 이의신청의 대상이 없다는 이유로 각하결정을 한 경우(2007두18161 판결)에도 실질적으로 직권취소 당시 이미 처분의 적법 여부에 대하여 판단의 대상이 되었던 것이므로 특별한 사유 없이 직권취소결정을 번복하고 다시 종전과 동일한 내용으로 과세처분을 하는 것은 위법하다고 판시하였다.

대상판결은 이의신청 및 심사청구를 인용한 경우에 기속력을 인정하여 납세자의 권리구제범위를 확대한 종전 판례의 입장에서 한걸음 더 나아가 명시적인 재결이 없더라도 사실상 과세처분에 관한 불복절차를 인용한 것으로 볼 수 있는 경우에는 그 실질에 따라 재결의 기속력과 동일한 효과를 부여한 점에서 큰 의미가 있다.

Ш. 소득세 및 법인세법

1. 비지정기부금에 대하여 정당한 사유를 인정한 사안 : 대법원 2010.2.25. 선고 2007두9839 판결

법인세법 제24조 제1항, 같은 법 시행령 제35조 제1항 제2호(소득세법 제34조 제1항, 같은 법 시행령 제79조 제1항 제2호)는 내국법인이 각 사업연도에 지출한 기부금 중 법인이 특수관계자 외의 자에게 정당한 사유 없이 자산을 저가로 양도하거나 고가로 매입함으로써 그 차액 중 실질적으로 증여한 것으로 인정되는 금액은 이를 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입하지 않도록 규정하고 있다.

대상판결은 비상장법인의 주식을 설사 정상가액보다 높은 가액으로 매입한 경우에 해당한다고 하더라도 그와 같이 매입하게 된 데에는 비상장법인을 인수할 목적으로 실제로는 현금의 투자 없이 상호 주식을 교환하는 방법을 택하였다는 사정 등에 비추어 볼 때 정당한 사유가 있다고 봄이 상당하다고 판단하여 정당한 사유에 의하여 기부금의제 규정의 적용을 제한하였다.

한편 상속세 및 증여세법 제35조 제2항은 특수관계 없는 자 사이에 재산을 고가 또는 저가로 양도한 경우 '거래의 관행상 정당한 사유가 없는' 경우에는 그 대가와 시가의 차액 상당액을 증여받은 것으로 추정하고 있고, 최근 과세관청은 위 규정에 근거하여 증여세부과처분을 다수 하고 있는 것으로 보인다. 위 규정은 2003.12. 증여세 완전포괄주의가 도입됨에 따라 신설된 규정이어서 '정당한 사유'의 존부에 관한 판례가 아직까지 나오지 않고 있다. 그러나 소득세 및 법인세법상 비지정기부금의 손금불산입에 관한 위 규정들의 취지와 그 문언 형식 등에 비추어 볼 때 '정당한 사유'의 존부에 관한 대상판결의 취지는 상속세 및 증여세법 제35조 제2항 소정의 '정당한 사유' 존부에 관한 해석에도 참고할 수 있을 것으로 생각된다.

2. 주식매수선택권 행사이익의 부당행위계산부인 대상 여부 : 대법원 2010.5.27. 선고 2010두1484 판결

스톡옵션에 대한 과세문제는 크게 이를 부여받은 임직원에 대한 과세문제(근로소득, 기타소득)와 이를 부여한 법인에 대한 과세문제(부당행위계산부인 여부, 모회사 주식에 대한 행사비용보전액의 손금산입 여부 등)로 구별할 수 있다. 대상판결에서 쟁점이 된 것은 후자로서 조세특례제한법의 쟁점 규정은 창업법인의 설립, 경영 등에 기여하는 종업원들에 대한 주식매수선택권 부여를 장려하고 이를 조세정책적으로 뒷받침하기 위하여 일정한 요건을 갖춘 경우 종업원 1인당 연간 주식매입가액 5,000만원의 한도에서 부당행위계산부인에 관한 법인세법 제52조 규정을 적용하지 않도록 규정하고 있다.

과세관청은 종래 그 특례한도액인 5,000만원을 초과하는 경우에는 쟁점 규정의 반대해석상 당연히 부당행위계산부인을 하여 법인세를 과세하여 왔다. 그러나 대상판결은 쟁점 규정을 특례한도액을 넘는 금액에 대해서는 법인세법 제52조의 부당행위계산부인의 요건에 해당하는지 여부를 묻지 않고 부당행위계산부인을 하여야 한다는 취지라고 해석할 수는 없고, 오히려 1인당 주식매수선택권 행사이익 5,000만원까지는 일률적으로 법인세법 제52조의 적용을 배제하여 법인세를 감면하되, 1인당 연간 행사가액이 5,000만원을 초과하는 경우에는 원칙으로 돌아가 법인세법 제52조 소정의 부당행위계산부인의 적용대상이 되는지 여부를 따져보아야 한다고 판시하여, 부당행위계산부인의 적용대상 여부는 일반규정인 법인세법 제52조 소정의 요건을 갖추었는지 여부에 따라 판정하여야 한다는 입장을 분명히 하였다.

한편 대상판결은 거래계약의 체결시기와 양도시기가 다른 경우 부당행위계산에 해당하는지 여부는 그 대금을 확정짓는 거래 당시를 기준으로 판단하고 익금에 산입하여 소득처분할 금액은 취득시기를 기준으로 산정하여야 한다고 하면서(대법원 2010. 5. 13. 선고 2007두14978 판결), 법인이 주식매수선택권을 부여한 경우에 주식매수선택권의 부여가 저가양도로서 부당행위계산부인의 대상이 되는지 여부는 주식매수선택권의 행사시기가 아니라 그 부여 시기를 기준으로 판단하여야 한다고 전제한 다음, 주식매수선택권의 부여 당시에 정한 행사가격이 부여 당시의 시가보다 높은 경우에는 그것이 미공개 내부정보로 인하여 단기간 내에 주가가 상승할 것이 예상되는 경우임에도 이를 반영하지 아니한 채 행사가격을 약정하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한 이를 부당행위계산부인의 대상이 되는 저가양도에 해당한다고 보기는 어렵다고 판시하였는데, 상법 및 자본시장법 등의 관련규정은 주식매수선택권의 부여 당시에 그 행사가격을 시가보다 높은 가격으로 정하도록 규정하고 있으므로, 대상판결의 취지에 따른다면 실제로 저가양도로 인정되는 경우는 거의 없을 것으로 생각된다.

IV. 부가가치세법

1. 재화의 공급시기가 속하는 과세기간이 경과한 후에 소급 작성된 월합계세금계산서가 '사실과 다른 세금계산서'에 해당되는지 여부 : 대법원 2010.8.19. 선고 2008두5520 판결

종래 판례는 재화의 공급시기가 속하는 과세기간이 경과한 후에 소급하여 작성된 세금계산서를 교부받은 경우에도 매입세액 공제를 허용하여 왔으나(대법원 2001.8.24. 선고 2000두8097판결 등), 대법원 2004.11.18. 선고 2002두5771 전원합의체 판결에 의하여 세금계산서 작성일이 속하는 과세기간 내에 작성된 세금계산서만이 매입세액공제를 받을 수 있고 과세기간이 경과한 이후에 작성된 세금계산서는 매입세액공제를 받을 수 없는 '사실과 다른 세금계산서'에 해당하는 것으로 그 태도를 변경하였다.

한편 부가가치세법 시행령 제54조 제3호는 사업자가 재화를 공급하는 때에는 그 공급시기에 세금계산서를 교부하여야 하나 재화의 공급시기에 바로 세금계산서를 교부할 수 없는 납세현실 등을 감안하여 관계증명서류에 의하여 실제 거래사실이 확인되는 경우로서 해당 거래일자를 작성연월일로 하여 세금계산서를 교부하는 경우에는 재화의 공급일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 교부할 수 있도록 하는 세금계산서의 교부시기에 관한 특례규정을 두고 있다.

대상판결은 부가가치세법 시행령 제54조 제3호에 따라 작성한 월합계세금계산서의 경우 당해 재화의 공급시기가 속하는 과세기간이 경과한 후에 발행일자를 공급시기가 속하는 과세기간 내로 소급하여 작성, 교부하였더라도 사실과 다른 세금계산서에 해당되지 않는다고 보았다. 대상판결은 소급 작성된 세금계산서의 매입세액 공제 허용 범위에 관한 전원합의체 판결의 취지와 상충되지 않는 범위에서 과세기간이 경과한 이후라고 하더라도 월합계세금계산서의 특례규정에 따라 세금계산서가 발급된 경우에는 매입세액공제를 허용함으로써 부가가치세법의 체계에 부합하는 타당한 판결을 선고한 것으로 이해된다.

2. 토지임차인이 지출한 토지관련 매입세액의 공제 여부 : 대법원 2010.1.14. 선고 2007두20744 판결

토지관련 매입세액은 토지 자체가 면세재화로서 그 공급에 있어 매출세액이 발생하지 않으므로 사업자가 과세사업을 영위하는지 여부와 관계없이 이에 관련된 매입세액을 불공제하고 있다. 종래 대법원은 골프장 조성을 위한 잔디수목식재공사와 그린겿펯벙커 공사에 소요된 비용 등은 토지관련 자본적 지출로서 매입세액공제를 허용하지 않았다(대법원 2006.7.28. 선고 2004두13844판결).

대상판결은 골프장 부지를 임대받아 골프장을 운영하는 사업자의 골프장 조성공사비용의 매입세액공제 여부와 관련하여, 토지의 소유자가 아닌 사업자가 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출의 성격을 갖는 비용을 지출한 경우 그에 관련된 매입세액은 특별한 사정이 없는 한 매입세액 불공제대상인 토지관련 매입세액에 해당하지 않는다고 판시하였다. 일반적으로 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출은 당해 토지의 양도시 양도차익을 산정함에 있어 그 취득가액에 가산하는 방법으로 회수되는데, 토지의 소유자가 아닌 사업자(토지임차인)는 이를 회수할 방법이 없다는 점 등에 비추어 보면 대상판결은 타당한 것으로 생각된다.

V. 상속세 및 증여세법

1. 상장주식의 시가 산정방법 : 대법원 2011. 1. 13. 선고 2008두9140 판결

종래 상장주식의 시가와 관련하여, ① 상증세법 제60조 제2항 본문(또는 법인세법 제52조 및 동법 시행령 제89조 제1항)에 의거하여 "거래일(또는 그 전일)의 거래시장 종가"로 산정하여야 한다는 견해와, ② 상증세법 제60조 제1항 후문에 따라 상증세법 제63조 제1항 제1호 (가)목 소정의 "양도일 전·후 2개월간 거래종가의 평균액"으로 산정하여야 한다는 견해로 대립되며 실무상 논란을 빚어 왔는데, 하급심 판결에서는 비상장주식에 관한 판례를 원용하여 상장주식의 시가 산정이 문제된 사안에서도 매매사례가액을 시가로 인정하여 왔다(서울행정법원 2009.7.14.선고 2007구단9573 판결, 서울고등법원 2008.5.15. 선고 2007누33148 판결 등).

대상판결은 상증세법 제60조 제1항 후문(제63조 제1항 제1호 가목 및 나목에 규정된 평가방법으로 평가한 가액은 이를 시가로 본다)을 문언에 따라 그대로 해석하여, 위 규정이 상장주식의 시가 산정에 관한 특칙(의제규정)으로서 상장주식의 시가를 평가할 때 우선적으로 적용되어야 한다는 입장을 밝힌 것으로 이해된다.

상장주식의 시가 산정에 관한 대상판결의 결론은 상증세법 규정의 문언만 놓고 보면 타당성을 가진다. 그러나 법인세법과 상증세법상 일반적인 시가 개념과의 관계 설정이 문제된다. 세목에 따라 시가의 기준을 달리하는 경우 실무적으로는 매우 풀기 어려운 문제가 발생한다. 예컨대, 특수관계 있는 개인과 법인 사이에 상장주식이 양도되는 경우, 대상판결에 의하면, 개인은 소득세법 시행령 제167조 제5항에 따라 상증세법의 시가(=양도일 전·후 2개월 종가평균액)에 따라야 하는 반면, 법인의 경우 법인세법 시행령 제89조 제1항에 따라 거래일의 종가를 시가로 보아야 한다. 이와 같이 본다면 어느 가액을 시가로 포착하든 부당행위계산부인의 문제가 생길 수 있다.

또한 비상장주식의 경우 정상적인 매매사례가액뿐만 아니라 당해 거래가 일반적이고 정상적인 방법으로 이루어져 당시의 객관적 교환가치를 적정하게 반영하고 있다고 볼 수 있는 경우에는 당해 거래가격도 시가로 인정하는 것이 판례의 확립된 입장인데, 거래소 시장에서 불특정다수인 사이에 정상적인 방법으로 거래된 상장주식의 가격을 시가로 볼 수 없다면 이는 비상장주식의 시가 산정과는 균형이 맞지 않고, 나아가 평가기준일 당시에 이후 2월 간의 종가평균액을 미리 예측하는 것도 현실적으로 불가능하므로 거래의 안정성을 침해할 소지가 있다고 생각된다.

2. 납세자의 후발적 경정청구 사유 : 대법원 2010.12.9. 선고 2008두10133 판결

피상속인의 채무는 일정한 경우를 제외하고는 상속재산가액에서 공제되는데 미확정채무인 보증채무의 공제와 관련해서는 논란이 많다. 종래 과세관청은 상속채무공제에 있어 당초 피상속인이 제3자를 위하여 연대보증채무를 부담하고 있었지만 상속개시 당시에는 아직 변제기가 도래하지 아니하고 주채무자가 변제불능의 무자력 상태에 있지도 아니한 경우에는 피상속인이 그 채무를 종국적으로 부담하여 이행하여야 하는지가 확실하지 않다는 이유로 그 채무액을 상속재산가액에서 공제하지 않았고, 기본통칙 또한 주채무자가 변제불능의 무자력 상태에 있어 피상속인이 그 채무를 이행하여야 하고 구상권을 행사하더라도 변제받을 가능성이 없는 경우에 한하여 비로소 공제가 가능하다고 규정하고 있다(통칙 14-0…3 ③④).

대상판결의 사안에서도, 과세관청은 피상속인이 제3자를 위하여 연대보증채무를 부담하고 있었지만 상속개시 당시에는 아직 변제기가 도래하지 아니하고 주채무자가 변제불능의 무자력 상태에 있지도 아니하여 피상속인이 그 채무를 종국적으로 부담하여 이행하여야 하는지가 확실하지 않다는 이유로 그 채무액을 상속재산가액에서 공제하지 아니하였으나, 그 후 주채무자가 변제기 도래 전에 변제불능의 무자력 상태가 됨에 따라 상속인들이 사전구상권을 행사할 수도 없는 상황에서 채권자가 상속인들을 상대로 피상속인의 연대보증채무의 이행을 구하는 민사소송을 제기하여 승소판결을 받아 그 판결이 확정되었을 뿐만 아니라 상속인들이 주채무자나 다른 연대보증인에게 실제로 구상권을 행사하더라도 변제받을 가능성이 없다고 인정되는 경우에는 이와 같은 승소확정판결에 의하여 피상속인의 연대보증채무는 상속세부과처분 당시와는 달리 피상속인이 종국적으로 부담하여 이행하여야 할 채무로 사실상 확정되었다고 볼 수 있고, 따라서 이러한 판결에 따른 피상속인의 연대보증채무의 확정은 후발적 경정청구사유에 해당한다고 판시하였다.

대상판결은 국세기본법 제45조의2에 의한 후발적 경정청구 사유와 관련하여, 상속개시일(피상속인의 사망일) 이후에 확정된 피상속인의 연대보증채무에 관한 민사판결이 후발적 경정청구의 사유가 된다고 판시함으로써 후발적 경정청구가 인정되는 적용범위를 넓혔다는 점에서 의의를 찾을 수 있을 것으로 생각된다.

Ⅵ. 지방세법

주택분양보증수수료가 취득세의 과세표준에 포함되는지 여부 : 대법원 2010.12.23. 선고 2009두12150 판결

대부분의 건설회사 또는 시행사들은 아파트 공사의 착공과 동시에 대한주택보증 주식회사와 주택분양보증계약을 체결한 후 주택분양보증수수료를 납부하고 있는데, 이러한 주택분양보증수수료는 완공된 아파트의 취득세 과세표준에도 산입되어 취득세를 신고, 납부하고 있는 실정이다.

대상판결은 주택분양보증이 사업주체의 신축건물 취득을 보증하기 위한 제도가 아니라 사업주체의 수분양자에 대한 분양계약(판매계약) 이행을 보증하기 위한 제도인 점 등을 고려하여 주택분양보증수수료는 건축물 자체의 가격은 물론 그 이외에 실제로 건축물 자체의 가격으로 지급되었다고 볼 수 있거나 그에 준하는 취득절차비용 등 간접비용에도 포함된다고 할 수 없으므로 취득세의 과세표준에 포함할 수 없다고 판시하였다.

대상판결은 주택분양보증수수료가 취득세 과세표준에 포함되는지 여부에 대한 최초의 판결일 뿐만 아니라 취득세 과세표준의 한계를 명확하게 한 사례로서 의미가 있다고 생각된다.
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