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연구논단

정부출연연구기관의 연구개발사업에 ‘국가계약법’의 적용여부

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1. 문제의 제기

가. 관련 규정
‘과학기술기본법’의 시행령인 ‘국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정’(이하 ‘공동관리규정’) 제3조(적용범위)에서는 ‘정부출연연구기관 등의 설립·운영 및 육성에 관한 법률’ 및 ‘과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립ㆍ운영 및 육성에 관한 법률’에 따라 설립된 정부출연연구기관과 ‘특정연구기관 육성법’의 적용을 받는 연구기관(특정연구기관)의 기본사업(정부출연연구기관과 특정연구기관이 정관에 따라 그 설립목적을 달성할 수 있도록 정부가 직접 출연한 예산으로 수행하는 사업)을 그 적용대상에서 제외하고 있다.

그리고 정부출연연구기관과 특정연구기관 중의 일부기관은 ‘공공기관의 운영에 관한 법률’상 ‘기타공공기관’에 해당한다. 이하에서 논의의 편의상 정부출연연구기관에 대해서만 논하기로 한다.

한편, 기획재정부 소관 ‘기타공공기관 계약사무 운영규정’(이하 ‘계약사무 운영규정’이라 한다) 제2조 제1항에 의하면, 기타공공기관의 계약처리에 관하여 다른 법령에 특별한 규정이 있는 경우 외에는 ‘계약사무 운영규정’에서 정하는 바에 따르도록 규정하고, 제2조 제4항에서는 기타공공기관의 계약에 관하여 계약사무 운영규정에 규정되지 아니한 사항에 관하여는 계약사무 운영규정 외에 ‘공기업·준정부기관 계약사무규칙’ 및 ‘국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법령(이하 ‘국가계약법’)’을 준용하도록 규정하고 있다.

그런데, 정부출연연구기관과 특정연구기관은 정부출연연구기관 등의 설립·운영 및 육성에 관한 법률 및 과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립·운영 및 육성에 관한 법률과 특정연구기관 육성법 외에도 기본적으로 과학기술기본법의 적용을 받는다. 따라서 이들 법률들은 위 계약사무 운영규정에서 규정하고 있는 ‘다른 법령’에 해당한다. 그럼에도 불구하고 과학기술기본법의 시행령인 공동관리규정 제3조에서는 정부출연연구기관의 기본사업을 그 적용대상에서 제외하면서도 정작 정부출연연구기관의 기본사업의 운영방법, 즉 기본사업에 관한 계약처리 방법에 대해서는 따로 정하고 있지 않다.

이에 정부출연연구기관의 기본사업은 계약사무 운영규정 제2조 제1항에서 정하고 있는 다른 법령의 적용대상이 되어 계약사무 운영규정의 적용 대상에서 제외되는지 여부가 문제되는 것이다. 쉽게 말하면 정부출연연구기관의 기본사업에 대하여 국가계약법이 적용되는지의 문제이다.

나. 검토의 필요성
위 문제와 관련하여 현재 정부출연연구기관은 기본사업에 대하여 사업관리규정 등의 내부규정을 제정하여 운영하고 있다. 그럼에도 불구하고 연구개발사업의 운영방법에 대하여 다른 법령에서 명시적으로 규정하고 있지 아니하므로 위 계약사무 운영규정에 따라 국가계약법에 따른 용역계약을 체결해야 하는 것이 아닌가 하는 의문이 제기되는 바, 이에 대하여 검토해 보기로 한다.


2. 검토

가. 정부출연연구기관의 기본사업의 의미
공동관리규정 제3조 제1호에 의하면, 출연(연) 등의 기본사업이란 출연(연) 등이 정관에 따라 그 설립목적을 달성할 수 있도록 정부가 직접 출연한 예산으로 수행하는 사업을 말하는데, 연구개발사업이 대표적이다.

이 문제는 정부출연연구기관의 기본사업, 즉 연구개발사업에 있어서 연구개발수행을 위해 연구기관 또는 연구원과 연구개발협약을 체결하는 경우 국가계약법에서 정하고 있는 용역계약 체결 방식을 따라야 하는지의 문제인 것이다.

나. 연구개발사업과 국가계약법상의 용역과의 차이점
일반적으로 ‘용역’이란 문리적으로 ‘물질적 재화의 형태를 취하지 아니하고 생산과 소비에 필요한 노무를 제공하는 일’을 의미하는데, 이는 대금 또는 비용 지출에 대한 반대급부의 형태로 이루어진다.

그런데 연구개발사업은 연구개발비 지출에 대한 반대급부로 연구개발 이라는 노무를 제공받는 측면보다는, 과학기술 연구개발을 통하여 과학기술을 혁신하고 국가경쟁력을 강화함으로써 국민경제의 발전을 도모하며 나아가 국민의 삶의 질을 높이고 인류사회의 발전에 이바지함을 목적으로 하는 것이다(과학기술기본법 제1조 참조).

따라서 연구개발사업은 단순히 대금 또는 비용에 대한 반대급부로 행해지는 용역과는 그 성격이 본질적으로 다르므로, 국가계약법상의 계약 체결 법리나 방식을 그대로 적용하기에는 무리가 있는 것이다.

다. 연구개발사업에서의 사업비 산정의 특성
연구개발사업을 수행하기 위해 체결하는 연구개발협약에서의 연구비 산정과 국가계약법상의 계약체결 과정에서의 비용 또는 대금의 산정 측면을 본다.

기본적으로 연구개발사업에서의 사업비 산정은 비목별 계상기준에 따라 직접비(인건비, 연구활동비, 연구과제추진비, 연구수당, 위탁연구비 등)와 간접비로 산정하지만, 국가계약법에서는 원가분석을 요구하고 있는데, 연구개발사업에서는 원가분석 자체가 곤란하다. 이와 같은 특성 때문에 연구개발사업에서 체결되는 협약 양식과 국가계약법상의 계약서는 기본적으로 그 내용이나 방식이 다르다.
따라서 연구개발사업에 국가계약법상의 계약체결 방식에 따르는 것은 사실상 곤란한 것이다.

라. 정부출연연구기관의 기본사업을 공동관리규정의 적용대상에서 제외한 이유
정부출연연구기관의 기본사업을 공동관리규정에서 제외하고 있는 이유는, 생각건대 공동관리규정의 적용대상이 되는 국가연구개발사업은 ‘중앙행정기관이 법령에 근거하여 연구개발과제를 특정하여 그 연구개발비의 전부 또는 일부를 출연하거나 공공기금 등으로 지원하는 과학기술 분야의 연구개발사업’을 말하는데(공동관리규정 제2조 제1호), 정부출연연구기관의 기본사업은 중앙행정기관이 아니라 정부가 직접 출연한 예산으로 수행하는 사업이라는 점을 감안한 것으로 이해된다.

다시 말하면, 정부가 직접 출연한 예산으로 수행하는 기본사업에 대하여 중앙행정기관이 전부 또는 일부를 출연하는 사업에 적용되는 규정을 그대로 적용하기에는 무리가 있기 때문에 공동관리규정의 적용범위에서 제외한 것인데, 그렇다면 정부출연연구기관의 기본사업에 대해서는 그 특성에 맞는 운영방식을 정하여 운영하라는 취지라 할 것이다.

마. 과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립·운영 및 육성에 관한 법률 검토
한편 위 법률 제9조(정관)에 의하면, 정부출연연구기관의 정관에는 목적, 명칭 외에도 ‘업무 및 그 집행에 관한 사항’이 포함되도록 규정하고 있다.

정부출연연구기관은 위 규정에 근거하여 정관에 그 업무 및 집행에 관한 사항을 규정하고 있고, 정관의 위임에 따라 사업관리규정 등의 세부규정을 정하여 기본사업, 즉 연구개발사업을 운영하고 있다. 정부출연연구기관이 이와 같이 내부규정으로 연구개발사업 운영방식에 관하여 규정하면서도 국가계약법상의 계약체결 규정을 준용하는 것이 아니라, 애초에 공동관리규정에서 정부출연연구기관의 기본사업을 그 적용범위에서 제외하고 있기는 하지만 어쨌든 공동관리규정에서 규정하고 있는 연구개발사업 협약체결 방식을 준용하고 있다.

요컨대, 정부출연연구기관은 연구개발사업의 운영에 있어서 위 법률에 따라 정관과 정관의 위임에 따른 사업관리규정 등에서 국가계약법상의 용역계약 체결 방식이 아니라, 연구개발과제 협약을 체결하는 방식으로 운영하고 있는 것이다.

바. 기획재정부의 ‘예산 및 기금운용계획 집행지침’
기획재정부는 국가재정법 제44조(예산집행지침의 통보)와 제80조(기금운용계획의 집행지침)에 근거하여 매년 초 ‘예산 및 기금운용계획 집행지침’을 확정하여 중앙관서의 장에게 통보하는데, 이 지침에 의하면 공동관리규정의 적용을 받지 않는 출연연구기관의 기본사업에 대해서는 주무부처 또는 연구회, 출연기관에서 운영지침을 마련하여 운영하도록 규정하고 있다. 이에 따라 정부출연연구기관은 사업관리규정 등의 내부규정을 정하여 운용하고 있는 것이다.

그러나 실제로 위 지침은 그 성격이 행정규칙이지 법령이 아니다. 그럼에도 위 지침에 근거하여 정부출연연구기관의 기본사업에 대해서는 계약사무 운영규정을 적용하지 않고 있다.

사. 결어
요컨대, 위에서 본 바와 같이 과학기술기본법의 시행령인 공동관리규정에서는 정부출연연구기관의 기본사업, 즉 정부출연연구기관의 연구개발사업에 대하여 적용을 제외하고 있으나, 그렇다고 하여 곧바로 국가계약법상의 용역계약 체결 방식을 그대로 적용할 수는 없는 것이다.

그러나 과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립·운영 및 육성에 관한 법률 제9조의 업무 및 그 집행에 관한 사항은 법인의 정관에 포함되어야 하는 일반적 내용에 관한 규정이기는 하나 기본사업의 운용방법에 대하여 구체적으로 언급하지는 않고 있고, 나아가 기획재정부의 ‘예산 및 기금운용계획 집행지침’은 법령이 아니라 행정규칙에 불과하다.

따라서 추후 공동관리규정에서 적용대상에서 제외하고 있는 정부출연연구기관의 기본사업에 대하여는 관련 법령에서 그 운용방법을 명시적으로 규정함으로써 불필요한 논쟁이 발생하지 않도록 하는 것이 타당할 것으로 생각된다.

이광훈 변호사(법률사무소 정진)
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