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판결기사 대법원 2016두33902

‘中企 지정 제외 과세 유예기간’3년 적용으로 세제혜택…

법 바꿨어도 기존 유예기간 적용돼야
대법원, 법인세 2억 취소소송 '필맥스' 승소 판결


매출액이 1000억원 미만인 중소기업에 해당돼 3년 동안 과세 유예기간을 주는 조세 특례 혜택 대상이 됐다면 이후 시행령이 바뀌어 중소기업에서 벗어났더라도 과세 유예기간은 보장해야 한다는 대법원 판결이 나왔다.

대법원 특별1부(주심 김용덕 대법관)는 ㈜필맥스(소송대리인 법무법인 동서양재)가 구미세무서장을 상대로 낸 법인세 부과처분 취소소송(2016두33902)에서 원고승소 판결한 원심을 최근 확정했다.

2003년 설립된 플라스틱 제조업체 필맥스는 2010년 처음으로 매출액 1000억원을 돌파했다. 매출액이 1000억원 이상이면 중소기업 지정에서 제외되지만 필맥스는 '중소기업이 그 매출액이 1000억원 이상인 경우와 같이 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 중소기업으로 본다'는 조세특례제한법 시행령 제2조 2항에 따라 2013년까지 중소기업 유예기간 적용을 받아 세제 혜택 등을 계속 받을 수 있었다. 그런데 2012년 해당 시행령이 개정되면서 관계기업의 매출액 합계가 1000억원을 넘으면 유예기간의 적용을 배제하는 내용이 추가됐다. 필맥스는 당시 몇 개의 계열사를 두고 있었는데 이들 관계기업의 매출액 합계가 1000억원을 넘었다. 그러자 구미세무서는 필맥스가 더 이상 중소기업 유예기간의 적용을 받을 수 없다고 판단해 법인세 2억원을 부과했다. 필맥스는 "개정 규정이 종전 유예기간까지 실효시키는 것으로 볼 수 없다"며 소송을 냈다.

대법원은 "개정 조세특례제한법 시행령 제2조 2항 본문 전단은 유예기간이 언제부터 실효되는지에 관해 아무런 규정을 두고 있지 않다"며 "언제부터 유예기간의 효과가 배제되는지에 관한 명문의 규정이 없는 상태에서 그 사유가 발생하는 즉시 유예기간의 효과가 배제된다고 해석하는 것은 무리"라고 밝혔다. 이어 "이 같은 점 등을 고려할 때 개정 규정을 이미 진행중이던 유예기간의 실효규정으로까지 해석하기는 어렵다"고 판시했다.

앞서 1심은 "이전에 중소기업이었던 기업이 개정 시행령의 관계기업 기준에 따라 중소기업에 해당하지 않게 되면 유예기간 적용이 배제됨은 관련 규정상 명백하다"며 "필맥스처럼 이미 유예기간의 혜택을 받아온 기업에 대해 유예기간을 유지해 더 보호한다면 이는 형평에 어긋나는 결과가 된다"며 세무서의 손을 들어줬다. 하지만 2심은 이를 뒤집었다.

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