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2022누33219 법인세 경정거부처분 취소청구


2022누33219   법인세 경정거부처분 취소청구
[제3행정부 2022. 10. 20. 선고]<조세>
□ 사안의 개요

- 원고는 신기술사업금융업자로 등록한 후 의약품 등 연구·제조기업인 A회사의 주식을 취득하여 2006. 12.경 44만 주(‘이 사건 주식’)를 보유함. 원고의 신청에 따라 2012. 5. 원고에 대한 신기술사업금융업 등록이 말소되었고, 이후 원고가 이 사건 주식을 양도함
- 원고는 주식양도일이 속하는 2016, 2018 각 사업연도 법인세를 신고·납부하면서 이 사건 주식 양도차익을 과세소득에 반영하였다가, 이후 구 조세특례제한법(2018. 12. 24. 법률 제16009호로 개정되기 전의 것) 제13조 제1항 제2호(‘이 사건 규정’)에 따라 비과세 적용 대상이라고 주장하면서 피고에게 법인세 환급을 구하는 경정청구를 함


□ 쟁점

- 이 사건 규정에 따른 비과세 요건을 적용받기 위하여 벤처기업 등의 주식을 양도할 당시에도 신기술사업금융업자의 지위가 유지되어야 하는지(적극)


□ 판단
- 이 사건 규정은 조세특례제한법이 2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되면서 ‘다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분을 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대하여는 법인세를 부과하지 아니한다. 2. '여신전문금융업법'에 따른 신기술사업금융업자가 신기술사업자 또는 벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분’으로 규정하였는데, 개정 전 조항과 비교할 때 ‘'여신전문금융업법'에 따른 신기술사업금융업자가’라는 문구가 본문에서 각 호로 내려오기는 하였으나, 본문에 주어를 모두 기재할 경우 해당 부분이 지나치게 길어지게 되고, 중복을 피하고자 이를 각 호로 내린 것으로 보이는 점 등을 고려하면, 위 문구는‘취득’뿐만 아니라 ‘양도’까지 수식하는 것으로 봄이 문언 해석상 자연스러우며, 개정 전 조항과 달리 양도 주체와 관련된 요건을 삭제하였다고 볼 만한 개정이유나 부칙 등은 발견되지 않으며, 조세특례제한법 시행령 제12조 제1항 제1호도 벤처기업 등의 주식을 양도할 당시 신기술사업금융업자의 지위를 유지하여야 함을 전제로 하고 있음
- 또한 이 사건 규정은 벤처기업 등에 창업자금 및 신기술사업화 자금을 원활하게 공급하기 위하여 신기술사업금융업자 등 모험자본 회사의 건실한 육성을 도모하고자 함에 그 취지가 있으므로, 양도 당시에도 신기술사업금융업자의 지위가 유지되고 있어야 할 필요가 있음 [항소기각(원고패)]