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판결요지

법인세부과처분 등 취소

미국변호사
펀드에서 일정 주식을 매수하자 위 펀드의 유한책임조합원인 법인인 원고가 위 주식매수의 실질적 당사자라고 전제하여 원고에게 법인세 등을 부과한 사건에서, 비법인사단인 펀드가 아닌 위 펀드의 유한책임사원인 원고가 위 주식매수의 당사자로 볼 수 없다고 본 판결


1. 판단
가. 이 사건 주식의 매수 당사자 및 소득세의 부과대상
(1) 피고의 과세근거

피고는 '이 사건 펀드들은 민법상 조합으로서 독립된 권리의무의 주체가 될 수 없을 뿐만 아니라 세법상 도관에 해당하므로 이 사건 거래로 인한 법률효과가 조합원인 원고에게 귀속된다. 또한 실질과세의 원칙에 따르더라도 이 사건 주식을 실질적으로 매수한 자는 원고이다'라고 주장한다.

(2) 이 사건 펀드들의 사법상 성격

그러나 다음 사정에 의하면, 이 사건 펀드들은 법인격 없는 사단으로서의 실체를 가진다.

① 이 사건 펀드들은 중소기업창업투자조합으로서, 중소기업의 창업자에게 투자하고 그 성과를 배분하는 내용의 고유의 목적을 가지고 설립되었다[구 중소기업창업법(2013. 3. 23. 법률 제11690호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 중소기업창업법’이라 한다) 제2조 제5호]. ②이 사건 펀드들은 창업투자조합의 효율적인 운영, 관리 및 재산의 배분 등을 위하여 업무집행조합원과 유한책임조합원 간에 합의된 사항을 규약으로 정하였는데, 위와 같은 규약은 이 사건 펀드들의 사단적 성격을 표상한다. ③이 사건 펀드들은 의사결정기관으로 조합원 총회를 두고 조합운영에 관한 중요한 사항을 의결하고 의사결정기관인 조합원 총회의 소집 및 운영에 관한 상세한 규정을 두고 있다. ④ 이 사건 펀드들의 업무집행조합원은 ○○○○이고, ○○○○는 조합재산의 관리, 운영, 투자대상 기업의 선정 및 투자 등 조합 전반에 관한 업무를 수행하고 조합에 관한 재판상 또는 재판 이외의 모든 행위에 대하여 조합을 대표하는 집행기관으로서의 역할을 수행한다. ⑤이 사건 펀드들의 규약에 의하면 조합원총회의 결의는 원칙적으로 일반 결의(총 출자좌수 1/2 이상에 해당하는 출자자의 출석 및 출석한 출자자의 1/2 이상의 찬성)에 의하거나(○○○○ 펀드 규약 제22조 제4항) 특별결의(총 출자좌수 2/3 이상의 찬성)에 의하도록 되어 있어(○○○ 펀드규약 제21조 제4항), 의사결정기관의 의결 방법이 미리 정하여져 있다. (중략)

이와 같이 이 사건 펀드들이 독립된 권리의무의 주체인 비법인사단에 해당하는 이상, 이 사건 거래에 따른 법률효과 또한 이 사건 펀드들에게 귀속되고, 그 출자자에 불과한 원고에게 이 사건 거래에 따른 법률효과가 귀속된다거나 원고를 매수 당사자로 볼 수는 없다.


구 조세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제14조 제1항에 의하면 중소기업창업투자조합이 창업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분을 양도하는 경우 이를 양도소득의 범위에서 원칙적으로 제외된다.

구 조세특례제한법 제14조 제5항은 중소기업창업투자조합에 귀속되는 소득으로서 이자소득(소득세법 제16조 제1항 각호) 및 집합투자기구로부터의 이익(같은 법 제17조 제1항 제5호)에 대하여는 해당 조합원에게 그 소득을 지급할 때 소득세 또는 법인세를 원천징수한다고 정하고, 같은 조 제6항은 위 소득은 총수입금액에서 해당 조합이 지출한 비용을 뺀 금액으로 한다고 규정한다. 즉 구 조세특례제한법에 의하면 원칙적으로 중소기업창업투자조합 단계에서는 양도소득이 과세되지 아니하나, 중소기업창업투자조합에게 귀속된 소득의 경우 비용을 제외하여 소득금액을 계산한 후 조합원에게 그 소득을 실제로 지급하는 시점에 그 조합원에게 법인세 등 납세의무(중소기업창업투자조합의 법인세 등 원천징수의무)가 발생하는 것이다. 그런데 이 사건 펀드들은 이 사건 거래로 인한 소득을 원고에게 지급하지 아니하였고, 그 출자자에게 소득이 분배된 바도 없다. 그럼에도 피고는 이 사건 거래로 발생한 세무상의 효과를 곧바로 원고에게 귀속시켜 과세하였는바, 이는 중소기업창업투자조합에 대하여 과세특례를 정하고 해당 조합원에게 그 소득을 지급할 때 소득세 또는 법인세를 원천징수하는 구 조세특례제한법의 규정 및 취지에 정면으로 반하는 것이다.

이에 관하여 피고는 이 사건 펀드들이 중소기업창업투자조합으로서 그 주식의 양도차익에 대해 과세되지 아니한다는 점을 근거로 이 사건 펀드들이 세법상 ‘도관’에 해당한다고 주장한다. 그러나 이러한 과세특례 규정은 벤처투자자에 대한 조세감면의 일환으로 투자조합을 통해 간접투자하는 경우에도 직접 투자하는 것과 동일하게 투자자인 조합원에게 조세감면의 혜택을 부여하는 것을 주된 내용으로 하는 것이다. 나아가 위와 같은 과세특례는 중소기업창업투자조합의 창업자에 대한 투자에 대하여만 부여되는 혜택이고, 창업자 등 이외의 자에 대한 투자에 대해서는 과세된다(구 중소기업창업법 제21조 제3항). 따라서 중소기업창업투자조합의 거래 중 구 조세특례제한법상 비과세 및 과세특례가 적용되는 거래가 존재한다는 이유만으로 이를 세법상 도관으로 보아 거래의 세법상 효과가 조합원들에게 막바로 귀속되는 것으로 볼 수는 없다.

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